Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. HighMAT Extension ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die HighMAT Extension ondersteunt zijn .HMT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in HighMAT Extension op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door HighMAT Extension.
HighMAT Extension kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via HighMAT Extension en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door HighMAT Extension.