Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Harvard Graphics 98 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Harvard Graphics 98 ondersteunt zijn .CH3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Harvard Graphics 98 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Harvard Graphics 98.
Harvard Graphics 98 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Harvard Graphics 98 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Harvard Graphics 98.