Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Harmony Assistant ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Harmony Assistant ondersteunt zijn .MYR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Harmony Assistant op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Harmony Assistant.
Harmony Assistant kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Harmony Assistant en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Harmony Assistant.