Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Ham Programmer Toolkit ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Ham Programmer Toolkit ondersteunt zijn .CHAM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Ham Programmer Toolkit op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Ham Programmer Toolkit.
Ham Programmer Toolkit kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Ham Programmer Toolkit en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Ham Programmer Toolkit.