Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Halo Custom Edition ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Halo Custom Edition ondersteunt zijn .KSML. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Halo Custom Edition op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Halo Custom Edition.
Halo Custom Edition kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Halo Custom Edition en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Halo Custom Edition.