Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. H-JTAG ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die H-JTAG ondersteunt zijn .HFC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in H-JTAG op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door H-JTAG.
H-JTAG kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via H-JTAG en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door H-JTAG.