Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Guitar Hero 3 ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Guitar Hero 3 ondersteunt zijn .XEN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Guitar Hero 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Guitar Hero 3.
Guitar Hero 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Guitar Hero 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Guitar Hero 3.