Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GraphPad Prism ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GraphPad Prism ondersteunt zijn .PZF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GraphPad Prism op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GraphPad Prism.
GraphPad Prism kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GraphPad Prism en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GraphPad Prism.