Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GPS Pathfinder Office ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GPS Pathfinder Office ondersteunt zijn .SSF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GPS Pathfinder Office op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GPS Pathfinder Office.
GPS Pathfinder Office kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GPS Pathfinder Office en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GPS Pathfinder Office.