Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GNU project C ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GNU project C ondersteunt zijn .LUA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GNU project C op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GNU project C.
GNU project C kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GNU project C en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GNU project C.