Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GNU Privacy Guard ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GNU Privacy Guard ondersteunt zijn .SIGN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GNU Privacy Guard op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GNU Privacy Guard.
GNU Privacy Guard kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GNU Privacy Guard en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GNU Privacy Guard.