Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Geomorph ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Geomorph ondersteunt zijn .GMP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Geomorph op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Geomorph.
Geomorph kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Geomorph en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Geomorph.