Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Geomagic Explorer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Geomagic Explorer ondersteunt zijn .STL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Geomagic Explorer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Geomagic Explorer.
Geomagic Explorer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Geomagic Explorer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Geomagic Explorer.