Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Gemcom GEMS ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Gemcom GEMS ondersteunt zijn .GGP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Gemcom GEMS op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Gemcom GEMS.
Gemcom GEMS kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Gemcom GEMS en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Gemcom GEMS.