Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GBA4iOS ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GBA4iOS ondersteunt zijn .GBCSKIN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GBA4iOS op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GBA4iOS.
GBA4iOS kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GBA4iOS en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GBA4iOS.