Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. GameMaker ondersteunt minimaal 10 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die GameMaker ondersteunt zijn .GMSPR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in GameMaker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door GameMaker.
GameMaker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via GameMaker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door GameMaker.