Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FreeQ ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FreeQ ondersteunt zijn .QPROJ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FreeQ op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FreeQ.
FreeQ kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FreeQ en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FreeQ.