Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FreeBSD ondersteunt minimaal 18 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FreeBSD ondersteunt zijn .ELF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FreeBSD op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FreeBSD.
FreeBSD kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FreeBSD en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FreeBSD.