Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Foxit Reader ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Foxit Reader ondersteunt zijn .PDF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Foxit Reader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Foxit Reader.
Foxit Reader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Foxit Reader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Foxit Reader.