Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Football Mogul ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Football Mogul ondersteunt zijn .MOG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Football Mogul op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Football Mogul.
Football Mogul kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Football Mogul en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Football Mogul.