Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FlowConnect ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FlowConnect ondersteunt zijn .SEP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FlowConnect op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FlowConnect.
FlowConnect kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FlowConnect en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FlowConnect.