Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FL Studio ondersteunt minimaal 9 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FL Studio ondersteunt zijn .WV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FL Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FL Studio.
FL Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FL Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FL Studio.