Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FineCrypt ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FineCrypt ondersteunt zijn .BFA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FineCrypt op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FineCrypt.
FineCrypt kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FineCrypt en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FineCrypt.