Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FileCapsule Deluxe ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FileCapsule Deluxe ondersteunt zijn .FCXE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FileCapsule Deluxe op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FileCapsule Deluxe.
FileCapsule Deluxe kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FileCapsule Deluxe en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FileCapsule Deluxe.