Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. File Splitter & Joiner ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die File Splitter & Joiner ondersteunt zijn .001. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in File Splitter & Joiner op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door File Splitter & Joiner.
File Splitter & Joiner kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via File Splitter & Joiner en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door File Splitter & Joiner.