Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. File-Ex ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die File-Ex ondersteunt zijn .FXI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in File-Ex op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door File-Ex.
File-Ex kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via File-Ex en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door File-Ex.