Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FFT Designer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FFT Designer ondersteunt zijn .FTD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FFT Designer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FFT Designer.
FFT Designer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FFT Designer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FFT Designer.