Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. F.E.A.R. 2: Project Origin ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die F.E.A.R. 2: Project Origin ondersteunt zijn .MOPP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in F.E.A.R. 2: Project Origin op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door F.E.A.R. 2: Project Origin.
F.E.A.R. 2: Project Origin kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via F.E.A.R. 2: Project Origin en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door F.E.A.R. 2: Project Origin.