Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FastCAM MTO ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FastCAM MTO ondersteunt zijn .MTO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FastCAM MTO op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FastCAM MTO.
FastCAM MTO kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FastCAM MTO en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FastCAM MTO.