Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Family Atlas ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Family Atlas ondersteunt zijn .FMAP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Family Atlas op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Family Atlas.
Family Atlas kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Family Atlas en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Family Atlas.