Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FairUse Wizard ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FairUse Wizard ondersteunt zijn .FUD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FairUse Wizard op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FairUse Wizard.
FairUse Wizard kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FairUse Wizard en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FairUse Wizard.