Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FaceGen Modeller ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FaceGen Modeller ondersteunt zijn .TRI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FaceGen Modeller op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FaceGen Modeller.
FaceGen Modeller kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FaceGen Modeller en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FaceGen Modeller.