Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. EyeCon ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die EyeCon ondersteunt zijn .EYE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in EyeCon op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door EyeCon.
EyeCon kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via EyeCon en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door EyeCon.