Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. eReader ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die eReader ondersteunt zijn .PMLZ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in eReader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door eReader.
eReader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via eReader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door eReader.