Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Enemy Territory: Quake Wars ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Enemy Territory: Quake Wars ondersteunt zijn .NDM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Enemy Territory: Quake Wars op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Enemy Territory: Quake Wars.
Enemy Territory: Quake Wars kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Enemy Territory: Quake Wars en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Enemy Territory: Quake Wars.