Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Encryption Wizard ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Encryption Wizard ondersteunt zijn .WZA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Encryption Wizard op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Encryption Wizard.
Encryption Wizard kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Encryption Wizard en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Encryption Wizard.