Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Encrypt4all ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Encrypt4all ondersteunt zijn .ETFF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Encrypt4all op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Encrypt4all.
Encrypt4all kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Encrypt4all en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Encrypt4all.