Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. eMusic/J ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die eMusic/J ondersteunt zijn .EMP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in eMusic/J op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door eMusic/J.
eMusic/J kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via eMusic/J en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door eMusic/J.