Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. eMule Plus ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die eMule Plus ondersteunt zijn .PART. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in eMule Plus op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door eMule Plus.
eMule Plus kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via eMule Plus en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door eMule Plus.