Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Emulator X ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Emulator X ondersteunt zijn .E4B. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Emulator X op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Emulator X.
Emulator X kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Emulator X en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Emulator X.