Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Emu48 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Emu48 ondersteunt zijn .GRO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Emu48 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Emu48.
Emu48 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Emu48 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Emu48.