Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Emperor: Battle for Dune ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Emperor: Battle for Dune ondersteunt zijn .XBF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Emperor: Battle for Dune op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Emperor: Battle for Dune.
Emperor: Battle for Dune kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Emperor: Battle for Dune en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Emperor: Battle for Dune.