Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. EMBOSS abiview ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die EMBOSS abiview ondersteunt zijn .FASTA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in EMBOSS abiview op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door EMBOSS abiview.
EMBOSS abiview kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via EMBOSS abiview en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door EMBOSS abiview.