Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. EDI Engine ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die EDI Engine ondersteunt zijn .EDI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in EDI Engine op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door EDI Engine.
EDI Engine kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via EDI Engine en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door EDI Engine.