Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Eclipse PHP Development Tools ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Eclipse PHP Development Tools ondersteunt zijn .PHP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Eclipse PHP Development Tools op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Eclipse PHP Development Tools.
Eclipse PHP Development Tools kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Eclipse PHP Development Tools en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Eclipse PHP Development Tools.