Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Eclipse Memory Analyzer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Eclipse Memory Analyzer ondersteunt zijn .HPROF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Eclipse Memory Analyzer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Eclipse Memory Analyzer.
Eclipse Memory Analyzer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Eclipse Memory Analyzer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Eclipse Memory Analyzer.