Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. eBook Pro ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die eBook Pro ondersteunt zijn .EBK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in eBook Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door eBook Pro.
eBook Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via eBook Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door eBook Pro.