Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. E-UAE ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die E-UAE ondersteunt zijn .FDI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in E-UAE op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door E-UAE.
E-UAE kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via E-UAE en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door E-UAE.