Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. E-Prime ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die E-Prime ondersteunt zijn .ES. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in E-Prime op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door E-Prime.
E-Prime kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via E-Prime en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door E-Prime.