Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Dungeon Designer 3 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Dungeon Designer 3 ondersteunt zijn .DD2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Dungeon Designer 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Dungeon Designer 3.
Dungeon Designer 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Dungeon Designer 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Dungeon Designer 3.